Người bạn đời của Mertesacker là một tuyển thủ bóng ném của đội tuyển Đức, Ulrike Stange, và họ đã có với nhau một cậu con trai, Paul (sinh vào tháng 4 năm 2011).[33][43]

Vào tháng 11 năm 2006, Mertesacker đã thành lập "Per Mertesacker Foundation", ban đầu nhằm hỗ trợ cho gia đình người đồng đội cũ của anh ở Hannover và đội tuyển Đức, Robert Enke, và sau đó là giúp đỡ cho những người mắc bệnh trầm cảm. Kể từ năm 2007 quỹ này đã tổ chức những trận bóng đá từ thiện hàng năm với thành phần là những đồng đội của Mertesacker ở đội tuyển quốc gia và câu lạc bộ, bao gồm Philipp Lahm, Lukas Podolski và Tomáš Rosický cũng như diễn viên hài Oliver Pocher, một thành viên của ban nhạc rock Fury in the Slaughterhouse - Rainer Schumann, và huyền thoại khúc côn cầu trên băng người Đức Uwe Krupp.